De Europese Unie heeft driehonderd insecten, bacteriën, schimmels en andere schadelijke soorten voor planten op een zwarte lijst staan. Zij mogen Europa niet in. Duiken ze wel op, dan moeten ze te vuur en te zwaard bestreden worden. Maatregelen ter voorkoming van import van quarantaine organismen zijn bijv. het gassen van containers en het uitwendig ontsmetten van vliegtuigen vóór de landing.

Deze "landsvreemde" quarantaine organismen kennen in ons land geen natuurlijke vijanden. Zij worden dus niet op een natuurlijke manier geremd in groei en/of verspreiding en kunnen een enorme schade toebrengen aan het gewas. Met controle aan de grens is niet alles tegen te houden. Het beleid van LNV richt zich steeds meer op het betrekken van het bedrijfsleven zelf bij de risicopreventie.

Plantenziektenkundigen werken steeds vaker met DNA-technieken om ziekteverwekkers te identificeren. Het door de EU-gefinancierde onderzoeksprogramma QBOL (Quarantaine Barcoding of Life) moet die indentificatie ondersteunen. Het QBOL-project moet aantonen of die genen geschikt zijn om onderscheid te maken tussen quarantaine-organismen en verwante soorten. Dat onderscheid is belangrijk, want het oordeel van de controleurs kan grote gevolgen hebben voor bedrijven. Q-bank is de database van al deze gegevens van de Q-organismen en hun nauwverwante soorten.

Een van de quarantaine organismen die momenteel veel in het nieuws is, is de Aziatische boktor. Als maatregel heeft het ministerie van Landbouw in januari 2010 in Boskoop een bufferzone van twee kilometer ingesteld rond een boomkwekerij waar de Oost-Aziatische boktor is gevonden. Deze bufferzone geldt voor minimaal vier jaar. Gedurende deze periode moeten de 17 door de EU genoemde waardplanten uit het gebied vergezeld van een plantenpaspoort worden verhandeld. Specifieke informatie over deze plaag is te vinden in het dossier Aziatische boktor.