zaaibakken sla, foto: CGN

Nieuws

Speciale collectie Sla

Gepubliceerd op
1 mei 2017

Het CGN heeft een slacollectie samengesteld voor gebruikers die gericht zoeken naar variatie in genen in genenbank materiaal. Van 100 monsters is inmiddels de DNA sequentie bepaald.

De speciale slacollectie, die tot dusver uit 442 monsters bestaat, is grotendeels geselecteerd uit de reguliere CGN collectie. Het vertegenwoordigt alle gewastypen van sla en de belangrijkste wilde verwanten, en bestaat uit monsters waar informatie over eigenschappen, met name ziekteresistenties, van bekend is. Wilde soorten zijn een belangrijke bron van nieuwe eigenschappen voor sla en zijn daarom goed vertegenwoordigd in de speciale collectie.

De selectie is gemaakt in het kader van het TKI project International Lactuca Genomics Consortium (ILGC), waarin 17 veredelingsbedrijven uit binnen- en buitenland deelnemen. TKI staat voor Topconsortia voor Kennis en Innovatie, een programma waarin ondernemers en wetenschappers zoeken naar o.a. duurzame oplossingen voor voedselzekerheid en voedselveiligheid.

Eigenschappen en DNA

Het vinden en gebruiken van geschikte genetische bronnen voor de veredeling wordt erg vergemakkelijkt als meer bekend is over de genen en hun functie, en de variatie die er is. Daarom wordt in het ILGC van monsters uit de speciale collectie de nucleotide (A, C, G, T) volgorde van het DNA (DNA-sequentie) bepaald.

Delen van de DNA-sequentie bevatten de genetische code voor eigenschappen (genen), en om te weten hoe variatie in de genen de variatie in eigenschappen beïnvloedt is onderzoek nodig aan hetzelfde materiaal.

Van 442 genenbank accessies is één enkele plant opgekweekt, DNA geïsoleerd en door zelfbestuiving zaad gewonnen. Dit zijn zogenaamde ‘single seed descent’ (SSD) lijnen. Zaad van deze lijnen is genetisch identiek aan het materiaal waar DNA van geïsoleerd is en kan dus gebruikt worden om planteneigenschappen (fenotypische informatie) te koppelen aan genetische informatie. Dit maakt deze speciale collectie belangrijk voor veredelingsdoeleinden. Door ‘marker-assisted breeding’, het gebruik van  DNA merkers voor eigenschappen in kruisingen, kan veredeling veel efficiënter plaatsvinden.

In het TKI project is van 100 monsters de DNA sequentie bepaald. Alle genotypische gegevens gegenereerd in het project zullen publiekelijk beschikbaar komen, waardoor de speciale collectie interessant wordt voor een brede gebruikersgemeenschap.

Lijnen uit de speciale collectie zijn ook gebruikt in een onderzoek naar inhoudsstoffen. Deze data vormen een extra set van fenotypische eigenschappen waaraan de genetische data worden gekoppeld. Ook deze informatie komt op termijn beschikbaar.

Het verschil tussen reguliere en speciale collecties van het CGN

De reguliere collecties van het CGN zijn opgebouwd voor conservering en gebruik, en worden onderhouden onder het mandaat van de Nederlandse regering. Het beheer van deze collecties verloopt volgens strikte procedures die zijn vastgelegd in een kwaliteit management systeem. De collecties zijn online doorzoekbaar en op te vragen voor onderzoek, veredeling en educatie onder de voorwaarden van de ‘standard material transfer agreement’ (SMTA).

Speciale collecties zijn niet primair gericht op conservering voor de eeuwigheid maar op speciale gebruikersgroepen en doeleinden. Speciale collecties kunnen bijvoorbeeld bestaan uit specifieke onderzoekspopulaties, genetisch homogene lijnen voor veredeling of erfgoedrassen gericht op een meer algemeen publiek. Belangrijk verschil met de reguliere collecties is dat speciale collecties niet volgens strikte procedures beheerd worden, niet online doorzoekbaar en aan te vragen zijn, en dat voor de distributie alternatieve voorwaarden dan alleen een SMTA kunnen gelden. Zo kunnen voor de speciale dienstverlening kosten in rekening gebracht worden.

Het CGN heeft momenteel  speciale collecties van sla en van tomaat. Materiaal uit beide collecties is al meerdere keren door geïnteresseerde gebruikers aangevraagd.

Contact: Rob van Treuren

(Bron foto: CGN)