mycelieum, foto Shutterstock

Nieuws

Analyse bodemleven via eDNA

Gepubliceerd op
15 oktober 2018

Het bodemleven speelt een belangrijke rol in allerlei processen van het ecosysteem in de bodem. Maar het is lastig een goed beeld te krijgen van de samenstelling van het bodemleven. Met een eDNA-analyse kun je het bodemleven in kaart brengen.

Het bodemleven speelt een rol in biochemische processen van het bodemecosysteem en heeft zo een sturende invloed op de ontwikkeling van de vegetatie. Maar het is niet duidelijk hoe dat exact werkt. Welke organismen spelen een rol? En wat is de rol van de verschillende schimmels, bacteriën of aaltjes in de bodem?

Nu technieken om DNA te analyseren steeds beter en goedkoper worden, kun je die technieken ook inzetten om het bodemleven in kaart te brengen, zo meldt Vakblad Natuur Bos Landschap in het artikel 'eDNA als instrument om bodembiologische gemeenschap in kaart te brengen'.

Environmental DNA

Elke organisme beschikt over een unieke DNA-code die opgesloten zit in de cellen. In bodemmonsters vind je vooral zogenaamd 'environmental DNA' of eDNA. Dat bestaat uit voornamelijk uit DNA van de verschillende micro-organismen en DNA dat organismen in de de bodem achterlaten via uitwerpselen bijvoorbeeld. Met de toegepaste methodiek, zoals beschreven in het artikel, wordt vooral DNA gedetecteerd van bodemorganismen als schimmels, bacteriën en nematoden.

Uit het artikel blijkt dat je met die techniek het bodemleven goed in kaart kunt brengen. De analyses leveren een enorme hoeveelheid data op. Uit die dataset zijn nog niet alle soorten via het DNA te identificeren, maar bijna altijd is er wel een verwante soort bekend. Daardoor kunnen vrijwel alle uitgelezen DNA-codes tot op voldoende detailniveau geïdentificeerd worden.

Schimmel-bacterie ratio

Zo kun je via die analyse een goed beeld krijgen van de verhouding schimmels - bacteriën. In voedselrijke graslanden en in verstoorde milieus, zoals in de landbouw, vind je vaak veel bacteriën en relatief weinig schimmels, terwijls in bossen en in schrale systemen het juist de schimmels zijn die domineren. Dat zie je ook terug in de schimel-bacterie ratio's in de analyses.

Het aandeel eDNA van schimmels is in bossen en in schrale systemen inderdaad veel groter dan in graslanden. De matig voedselrijke graslanden en een raaigrasakker voor agrarisch gebruik bleken voornamelijk eDNA van bacteriën te bevatten.

Natuurherstel

De auteurs van het artikel, die de eDNA-analyses uitvoeren, denken dat dit een geschikte methode is om bij natuurherstelprojecten de uitgangssituatie van het bodemleven te bepalen. Bodembiologie wordt immers steeds meer geïntegreerd in herstelstrategieëen. Door goed ontwikkelde referentiepercelen te vergelijken met slecht ontwikkelde doelpercelen, kun je verschillen in het bodemleven blootleggen.

(Bron foto: Shutterstock)